CranioSacraal therapie kan bij verschillende aandoeningen worden toegepast:
Als iemand in een auto van achter aangereden wordt, ontstaan als gevolg van de klap storingen in het lichaam die vaak rug- en nekklachten als gevolg hebben. In veel van deze gevallen zorgt het zelfherstellend vermogen van het lichaam ervoor dat de storingen verholpen worden, waardoor de klachten zullen verdwijnen. Maar soms is het lichaam daar niet toe in staat. De pijn, evenwichtsstoornissen en concentratieproblemen blijven. De oorzaak hiervan kan een oud trauma, angst of bindweefselverklevingen zijn. De craniosacraal therapeut gaat samen met de patient op zoek naar de mogelijke oorzaak.
Een bevalling kan bij moeder en baby traumatisch letsel veroorzaken. Vooral als er sprake is van een keizersnede, een vacuumverlossing, een tangverlossing of een aangezichtsbevalling. Tijdens de geboorte kan bij de baby een zenuw die van schedel naar de inwendige organen loopt, bekneld raken. Dit kan zowel in de schedel als in de buik klachten veroorzaken.Omdat het kind zich niet lekker voelt, wordt het bijvoorbeeld onrustig of gaat het vaker huilen, overstrekt, wil niet slapen of niet knuffelen. Zo'n baby wordt wel een huil- of onrustbaby genoemd. Door gerichte zachte behandeling van o.a. de schedelbasis en buik-bekken kunnen de klachten helemaal verdwijnen.